癌症基因的多样性会阻扰靶向抗癌药物的治疗
2012-03-16 15:04 来源：丁香园 作者：echo1166

研究者们发现癌症基因的多样性会阻扰目前对癌症患者的靶向治疗。英国研究者所进行的研究意味着在对肿瘤进行靶向治疗前，我们必须对癌症的基因学进行更深入的研究，但这会使得原本高昂的癌症治疗费用进一步增加。

目前治疗肿瘤的靶向药物品种繁多，医生们使用DNA测试，即从肿瘤患者体内采样肿瘤标本以确定用何种方式来清除肿瘤。据Wall Street Journal报道，英国研究者们在肾癌的多个区域进行了DNA测试，但发现所有的肿瘤样本中共有的基因突变只占了三分之一。

这个研究并不是为了抑制医师对肿瘤靶向治疗的热情，但研究的发现能促使医师在使用这些药物之前谨慎考虑。此外，Bloomberg指出研究结果能解释在进行基因靶向治疗后肿瘤是如何复发的。导致肿瘤复发的突变在基因靶向治疗前早已存在，而不是为了克服基因靶向治疗的效果而产生的。

很多大型制药公司如辉瑞、罗氏及诺华等纷纷投入肿瘤基因靶向治疗中。确定英国进行的这项研究的结果会对这些制药公司的未来产生何种影响还为时过早。但是我们可以观察该研究会如何影响人们对这一治疗领域的投入热情。

本研究的共同作者、伦敦Wellcome Trust Sanger 机构肿瘤基因学及遗传学部门前主任前Andrew Futreal指出：“该研究发现令人清醒。”他同时补充道：“只进行一次活检，可能使我们错失研究结果与基因突变之间的联系。”

原文详见：Big trouble seen for targeted cancer drugs

Nature：两项研究揭示大部分抗癌药疗效取决于癌细胞基因组成
作者：中国生物技术信息网来源：中国生物技术信息网2012-4-1 12:58:32分享到： 0
关键词： 抗癌药 疗效 癌细胞 基因



多数抗癌药疗效取决于癌细胞基因组成

日前，科学家通过研究发现，多数抗癌药药效好坏取决于癌细胞的基因组成，如果进行针对性用药，提高药物敏感度，癌症疗法的疗效或可更上一个台阶。相关两份研究成果3月28日在线发表于《Nature》杂志上。

科学家在一次研究中发现，同癌症相关的基因在发生突变的时候，药物敏感性会随之发生变化。于是，科学家将遗传识别同药物测试紧密统一起来，并且建立了详实的资料库，从而能够完整描绘出各类基因突变会对不同癌症抗癌类药物的药性造成何种影响。在进行分门别类的划分和测定之后，今后在治疗癌症时，就可根据病人的自身情况具体用药，从而提高治疗的成功率。

据悉，为了研究癌症机理，并且寻找对应的治疗方法，科学家在实验室里培养了各种各样的癌细胞。通过不断的收集积累，科学家搞清楚了数百种癌细胞系的基因特征，其中就包括同癌症相关的基因突变，以及基因活化的各种样式。随后，科学家又将已获准生产的抗癌药同这些基因特征进行一一对应，并且查看记录癌细胞的不同反应。

加拿大安大略癌症研究所（Ontario Institute for Cancer Research）的主席汤姆-哈德森（Tom Hudson）表示：“这项研究成果具有非常重大的意义。这样一来，我们在针对不同的癌症病人设计治疗方案时，就能够从中获得有价值的信息。同时，这项研究对于制药产业而言也是一件好事，今后他们在进行药物研发的时候能够更加具有针对性，并且有效降低研究经费。”据悉，哈德森并未参与此项研究，因而他的意见十分客观。

波士顿达纳-法伯癌症研究所（Dana-Farber Cancer Institute）的癌症研究员李维 加莱维（Levi Garraway）参与了此项研究，他介绍称，尽管目前科学家们已经纷纷意识到，就癌症治疗而言，更应该关注引发癌症的基因变异而不是疾病本身，但是，真正考虑到用药时，仍面临不少困难。其中之一就是，制药公司在进行临床试验之前，他们也无法弄清楚自己生产的抗癌药具体会对哪些病人有效。

近日，一项新研究指出，癌症患者体内同一肿瘤的不同部位具有不同的基因，并且转移至身体别处的癌症与原发癌症的基因也具有一定差异。正因为如此，尽管药物在不断更新，但是一种药物开始时有效，患者使用一段时间后却突然失效，因而癌症死亡率才会居高不下。

为了让制药公司能够开发出更具针对性的抗癌药，加莱维同其他科研人员一起编撰了一部癌细胞系百科全书（Cancer Cell Line Encyclopedia） ，里面收集整理了947个细胞系的基因信息，其中还包含479个细胞系的药物敏感性测试结果以及24类抗癌药的测试结果。

同时，英国剑桥大学韦尔科姆基金会桑格学院（Wellcome Trust Sanger Institute）的马修-加内特（Mathew Garnett）带领了另外一组科学家，他们也收集整理出了一部类似的百科全书，其中包括639个肿瘤细胞系的基因信息，以及130种抗癌药的测试结果。目前，这两个科研团队所整理的癌细胞系百科全书都已公开，制药公司可以在互联网上找到研究结果。休斯敦MD安德森癌症研究中心(MD Anderson Cancer Center)的计算生物学家约翰-韦恩斯坦（John Weinstein）表示，科研团队提供的这份百科全书会是一个非常有用的研究工具。

不过，实验室培养的癌细胞也存在一定的局限性，那就是在培养器皿中生长繁殖的细胞，其周围环境无法做到同人体内部完全一致，例如在针对实验室癌细胞用药时，药物会直接作用在细胞上，而如果是在真实的人体环境下，药物首先会在人体循环系统中流动，最终才会到达目标处。因而，在临床阶段，某些药物的药效有可能会出现同实验室模拟情况不大相符的结果。这也许是科学家下一步需要研究的方向。（生物谷 bioon.com）



doi:10.1038/nature11005
PMC:
PMID:

Systematic identification of genomic markers of drug sensitivity in cancer cells

Mathew J. Garnett, Elena J. Edelman, Sonja J. Heidorn, Chris D. Greenman, Anahita Dastur, King Wai Lau, Patricia Greninger I. Richard Thompson, Xi Luo, Jorge Soares, Qingsong Liu, Francesco Iorio, Didier Surdez, Li Chen, Randy J. Milano, Graham R. Bignell, Ah T. Tam, Helen Davies, Jesse A. Stevenson, Syd Barthorpe, Stephen R. Lutz, Fiona Kogera, Karl Lawrence, Anne McLaren-Douglas, Xeni Mitropoulos, Tatiana Mironenko,1Helen Thi, Laura Richardson, Wenjun Zhou, Frances Jewitt, Tinghu Zhang, Patrick O’Brien, Jessica L. Boisvert, Stacey Price, Wooyoung Hur, Wanjuan Yang, Xianming Deng, Adam Butler, Hwan Geun Choi, Jae Won Chang, Jose Baselga, Ivan Stamenkovic, Jeffrey A. Engelman, Sreenath V. Sharma, Olivier Delattre, Julio Saez-Rodriguez, Nathanael S. Gray, Jeffrey Settleman, P. Andrew Futreal, Daniel A. Haber, Michael R. Stratton, Sridhar Ramaswamy, Ultan McDermott1, Cyril H. Benes et al

Clinical responses to anticancer therapies are often restricted to a subset of patients. In some cases, mutated cancer genes are potent biomarkers for responses to targeted agents. Here, to uncover new biomarkers of sensitivity and resistance to cancer therapeutics, we screened a panel of several hundred cancer cell lines—which represent much of the tissue-type and genetic diversity of human cancers—with 130 drugs under clinical and preclinical investigation. In aggregate, we found that mutated cancer genes were associated with cellular response to most currently available cancer drugs. Classic oncogene addiction paradigms were modified by additional tissue-specific or expression biomarkers, and some frequently mutated genes were associated with sensitivity to a broad range of therapeutic agents. Unexpected relationships were revealed, including the marked sensitivity of Ewing’s sarcoma cells harbouring the EWS (also known as EWSR1)-FLI1 gene translocation to poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors. By linking drug activity to the functional complexity of cancer genomes, systematic pharmacogenomic profiling in cancer cell lines provides a powerful biomarker discovery platform to guide rational cancer therapeutic strategies.

Retrovirology：XMRV不是引起慢性疲劳综合征的成因
作者：生物谷来源：生物谷2011-1-10 15:07:40分享到： 0
关键词： XMRV 慢性疲劳综合征 ME

一项新的研究使人对所谓的XMRV病毒导致慢性疲劳综合症的想法产生了进一步的怀疑。2009年在血液样本中发现鼠中类似病毒后，美国科学家将该病，也被称为ME，与这种病毒联系了起来。

现在，英国专家说，这一发现是一个实验室交叉污染引起的“假阳性”。这种疾病可能仍然是由病毒引起的，他们说，但不是在近期争论焦点的中的此种病毒。

慢性疲劳综合症有没有病毒的原因，现在的研究尚不能回答，但此次英国专家的发现否定了是由XMRV病毒引起的。

XMRV病毒（向异鼠科白血病病毒相关病毒）是在老鼠的DNA中发现的病毒。该病毒发现于2006年，后来又在前列腺癌和慢性疲劳综合症的患者样本中发现。这引起了该病毒可能会导致这些疾病的猜测。提供了一些证据表明慢性疲劳综合症与病毒相关的一篇论文去年发表在先锋杂志《科学》上。

来自伦敦和牛津大学的团队在最新工作中，利用DNA测序的方法来研究XMRV病毒。他们发表在杂志《逆转录病毒学》(Retrovirology)上的证据显示，病人样本中发现的病毒是从实验室污染产生的。更重要的是，他们认为这种病毒实际上不可能感染人群的。

《科学》杂志中的论文原文曾让专家们吃惊。但到现在为止，还没有在其他样本中发现逆转录病毒，而这项研究表明，事实上逆转录酶病毒可能来自老鼠DNA的污染。（生物谷Bioon.com）

生物谷推荐原文出处：

Retrovirology 2010, 7:111doi:10.1186/1742-4690-7-111

Disease-associated XMRV sequences are consistent with laboratory contamination

Stephane Hue , Eleanor R Gray , Astrid Gall , Aris Katzourakis , Choon Ping Tan , Charlotte J Houldcroft , Stuart McLaren , Deenan Pillay , Andrew Futreal , Jeremy A Garson , Oliver G Pybus , Paul Kellam  and Greg J Towers

仰望安迪科学家！！！

4月9日《自然》杂志精选


　
时间：2009-04-17 00:00 新闻类别：科技信息 来源：力学与工程学院
封面故事：癌症研究领域的最新进展
 
本期Nature包括一系列关于癌症研究领域一些最新进展的研究论文和综述文章。其中一篇综述文章回顾了上世纪80年代初以来癌症遗传学领域所取得的进展，展望了今后几年在癌症基因组学领域可能看到的进展。两篇论文分别报告了关于饮食和癌症的最新研究工作和“泛素—蛋白酶体”体系中的一个新颖的抗癌药物作用目标。Gao等人发现，Myc致癌基因（在很多人类癌症中发生突变）由一个对明胶蛋白酶的表达很重要的微RNA调控，从而在癌症与代谢之间建立起了一个联系。Hedgehog信号作用曾被发现与几种癌症有关，而现在Zhao等人发现，它在慢性骨髓性白血病中维持白血病干细胞的存在。Diehn等人对人类与小鼠乳腺癌中的癌症干细胞进行了分析，发现它们所含“活性氧”少于其他癌细胞，这可能是使得乳腺癌较之其他一些癌症对放疗不太敏感的一个因素。本期封面为一个乳腺癌细胞。   癌症基因组学时代   自1982年HRAS基因突变与膀胱癌之间的关系被发现以来，研究人员已经在癌症患者身上发现了约10万个异常基因。因此，对于癌症的发展我们已经知道很多，但由于癌症和组织类型是如此之多，我们要了解的东西还很多很多。现在，随着大规模并行DNA测序技术的发展，数以亿计的与癌症相关的突变很快将被发现。在一篇内容广泛的综述文章中，Michael Stratton、Peter Campbell和Andrew Futreal对癌症基因组领域所取得的成就进行了回顾，同时展望了大量癌症完整DNA序列的获得将可帮助我们进一步加深对癌症治疗方法之认识的前景。   饮食与癌症的关系   人们知道限制饮食对啮齿类动物有抗癌效果已有几十年了，但令人吃惊的是，我们对决定某种肿瘤是否会对节食措施产生反应的分子机制却知之甚少。Nada Kalaany和David Sabatini报告，某些人类癌细胞系，当在小鼠体内作为肿瘤异体移植物生长时，对于饮食限制的抗生长效应非常敏感，而人类的其他癌细胞系则对此有抵抗力。现在，造成肿瘤不同敏感度的原因，已被发现是“phosphatidylinositol-3-kinase/Akt”信号通道的活化状态。因此，这一通道的状态可能是指示哪些肿瘤会对模仿饮食限制的治疗方法产生反应的一个指示器。   以泛素体系为目标的癌症治疗方法   “泛素—蛋白酶体”体系对细胞内蛋白进行标记，以将其降解。这是很多细胞功能的调控机制的构成部分，其中一些功能与癌症有关。现在，蛋白酶体抑制因子正在成为抗肿瘤药物，其中第一种用于临床的是“硼替佐米”，用来治疗多种骨髓瘤和一些淋巴瘤。Soucy等人报告了MLN4924的发现，它是“NEDD8-激发酶”（NAE）的一个小分子抑制因子，目前正在进行一期临床试验。NAE调控“泛素连接酶”一种亚型（即cullin-RING）的活性，后者又控制各种不同细胞蛋白的降解。MLN4924在小鼠癌症模型中诱导癌细胞死亡和产生抗肿瘤活性。   通过改变形态提高四氧化三钴催化剂的性能   科研人员对四氧化三钴作为一氧化碳低温氧化的一种潜在催化剂作了很多研究，它在汽车尾气控制等方面会有用。虽然这种材料在即使低于零摄氏度的温度下也有活性，但它对即便是痕量的水汽也高度敏感。现在，Xiaowei Xie等人发现，以“纳米棒”形式存在的四氧化三钴有更高的催化活性，在有水存在时稳定性增强。他们将其性能的这些改进归因于暴露在“纳米棒”表面上具有催化活性的Co3+点的高密度。与钴的使用相关的健康风险意味着，这种特定材料也许不会广泛用于空气净化，但这些发现却展示了形态控制对于提高过渡金属氧化物催化剂性能的潜力。   “大氧化事件”之后的若干疑问   “大氧化事件”是大约24亿年前氧开始在大气中积累时地球上的一个时期，它被广泛认为是由大气甲烷水平降低触发的。当时是什么使得甲烷开始消失仍然不确定。现在，基于关于“条带状含铁构造”（距今大约27亿年前形成的沉积岩）中镍—铁分子比率有所下降的发现，Konhauser等人提出了一个新的假设来解释甲烷的消失。他们将镍的缺少归因于镍向海洋中流入量的减少，而这种减少则是由上层地幔温度的下降及当时富含镍的“超镁铁岩”喷发量的减少。镍是产甲烷生物中所发现的几种酶中的一个关键辅助因子，所以其含量下降可能抑制了远古海洋中产甲烷生物的活性，中断了由生物所产生的甲烷的供应。   不使用病毒载体生成人iPS细胞系的方法   关于非生殖性成年细胞能够被重新编程而成为多能细胞，从而能够分化成任何细胞类型的发现，让人们看到了一些激动人心的可能性。重新编程的细胞（被称为“诱导多能干细胞”，即iPS细胞）在再生医学中应当有巨大潜力，但目前用来生成它们的方法大多数都涉及到病毒基因的使用，这有可能使所诱导的细胞发生异常。两个小组在本期Nature上报告了一项合作研究工作，这项工作成功地在没有使用病毒载体的情况下使人体细胞产生了多能性。研究人员利用来自病毒的2A肽序列生成一种结合重新编程因子的“多顺反子载体”，该载体被piggyBac转位子载体送入细胞中，从而在人及小鼠成纤维细胞中都生成了稳定的iPS细胞。然后，与2A结合在一起的重新编程因子（在已经生成的iPS细胞系中是不需要的）被除去。 （转自：科学网）

Nature：研究发现一种改进的癌症模型
作者：ztwpierre来源：生物谷2007-6-22 22:51:29分享到： 0
关键词： 癌症模型

生物谷报道：传统小鼠癌症模型是通过将一种致癌基因转移进小鼠胚胎中做成的。转移后实验鼠会患癌症，但所患癌症却不会表现在人体中所发现的明显的基因组不稳定性。人类癌症一般与很多基因变异有关，其中有些是致癌的，有些是正在形成中的疾病的构成部分，而有些则是偶然发生的。现在，研究人员已经培养出一个能够模仿人类癌症中基因组稳定水平的新的小鼠模型。该研究成果发表在最新一期的《Nature》杂志上。

研究人员是把能够引起染色体不稳定的遗传要素用基因工程方法转移进易患淋巴癌的小鼠体内而培养出这一小鼠模型的，该模型在很多方面与人类疾病非常相似，包括基因FBXW7 和 PTEN发生删除和突变等。这种改进的癌症模型对于研究人类癌症的发生机制具有重要意义。

 

这篇也重复了，但这个表述地更浅显易懂。

癌症基因更多了

来源：青年人(Qnr.Cn) 更新时间：2010/3/26 15:37:10  

　　March 7, 2007 -- 癌症基因可能比科学家之前想得更为丰富。

包括P. Andrew Futreal博士在内的癌症基因专家做了上述表示；Futreal是英国剑桥Wellcome信托Sanger研究所癌症基因工程的共同领导者。

Futreal的研究团队正研究基因和癌症之间的关联性，他们正彻底查找人类的DNA，来找寻与癌症相关的遗传学模式。

　　作为那些努力的一部分，Futreal和同事筛检210个人类癌症的DNA以及健康人的组织，他们将焦点放在518个基因上，这些基因是制造与不同种类癌症有关的某种特定蛋白质。

研究人员在自然期刊中表示，这项DNA试验有相当不同的结果，在210个癌症中，有73个在所研究的基因身上没有突变，而其它人则有异常大的突变。

　　【司机和乘客】
　　整体而言，那些科学家在这些癌症的DNA中看到超过1,000个基因突变。

　　大多数的突变显然并不影响癌症发展，研究人员称那些突变为「乘客基因突变(passenger mutation)」。

　　不过，科学家也看到所预估的158个「司机基因突变(driver mutation)」，这种突变似乎会增加癌症危险；研究显示，在518种研究的基因中，将近有120个有司机基因突变。

Futreal 在Wellcome信托Sanger研究所的新闻稿中表示，结果是大多数的癌症突变都是乘客，不过，在他们之中隐埋比之前所预期得多更多的司机突变；这表示，事实上，有比之前所认为的更多基因会造成癌症。

　　这项研究并未显示那些基因突变是引起癌症的唯一原因；一般认为，遗传和环境因素的综合会影响癌症风险。

人类癌症的新型小鼠模型问世，癌症诱发基因更易寻找

作者：佚名    出处：佚名    浏览次数：7093（2007-5-29）
 
 
Dana-Farber癌症研究所的研究人员最近得到一种更接近于人类癌症的小鼠模型，有助于寻找癌症诱发基因，改善实验室药物检验的预期值。

Ronald A. DePinho博士研制的模型小鼠，形成的肿瘤遗传复杂性和不稳定性更高，因此与常用的遗传工程癌症小鼠模型相比，更适合做人类癌症研究的替身。为了鉴定这些小鼠肿瘤的特征，DePinho博士等利用高清晰度列阵CGH技术、基因组扫描技术定义DNA变形区。相关成果刊登于即将出版的《Nature》杂志。

研究人员根据Chin实验室过去几年中得到的大量数据，将小鼠染色体变化形式与在400人类肿瘤样本（包括黑素瘤、肺癌、结肠癌和胰腺癌以及多种骨髓瘤）中观察到的模式对比。结果发现，小鼠癌细胞的遗传不稳定性引起DNA改变，在许多情况下与人类肿瘤中的相应变化一致。研究人员认为这种一致说明新的小鼠模型对于寻找在癌症生长中发挥重要作用的基因非常有用。

“我们发现小鼠的和人类的癌症中遗传改变存在惊人的交迭，对我们从简单的不相干的‘乘客’事件中挑选引发癌症的遗传事件非常有帮助，” DePinho说。的确，研究小组利用新的癌症“不稳定”模型，与Wellcome Trust Sanger 研究所Michael Stratton博士、Andy Futreal博士合作，发现一对与一种人类血癌有关的基因突变。

作为正在Sanger 研究所进行的癌症基因组计划的一部分，研究人员分析人类癌症细胞系和临床样本，识别新的突变基因，发现了一个在典型人类癌症基因组中出现的大量遗传改变。

DePinho说小鼠和人类肿瘤中发现的遗传异常模式的交迭说明这两个物种的癌症机制的相似性比以前想象的要高。Sanger 研究所癌症基因组计主任Futreal说，这种小鼠模型和物种交叉基因组对比对于鉴定人类癌症基因和弄清这些基因在肿瘤形成中的作用，具有重要作用。

传统癌症小鼠模型是由转移一个癌症诱发致癌基因到小鼠胚胎得到的。“但这只是游戏的道具，不等同于肿瘤通常起源的过程。”这些肿瘤缺少一些关键的人类肿瘤特征如基因组不稳定。

最新实验中，研究人员利用基因敲除法得到缺少关键分子（控制基因组不稳定和DNA紊乱）的小鼠。结果，小鼠发展出T细胞急性成淋巴细胞白血病/淋巴瘤（或T-ALL），癌细胞具有“猛烈的基因组不稳定”，出现突变、染色体重排、基因扩增和基因敲除等复杂形式，与人类实体肿瘤的相似。小鼠模型与人类T-ALL的类同之处能帮助研究人员快速、有效鉴别在人类癌症中常发生丢失或突变的两个基因FBXW7和PTEN。

癌基因專家：兩大頂級雜志破解癌癥迷題

來源：生物通 作者： 2011-1-21

摘要: 來自英國桑格研究所（WellcomeTrustSangerInstitute）的AndrewFutreal博士是一位在癌癥基因研究領域從事多年研究工作的科學家，他領導的科研小組多次獲得了癌癥研究的突破性進展，是全球癌癥基因研究領域的前沿團隊。近期這一團隊接連在Nature，Cell雜志上發表文章，破解了癌癥研究的兩大迷題。一直以來科學家們都希望能......

來自英國桑格研究所（Wellcome  Trust  Sanger  Institute）的Andrew  Futreal博士是位在癌癥基因研究領域從事年研究工作的科學家，他領導的科研小組多次獲得了癌癥研究的突破性進展，是全球癌癥基因研究領域的沿團隊近期一團隊接連在Nature，Cell雜志上發表文章，破解了癌癥研究的兩迷題。

一直以來科學家們都希望能了解癌癥是如何開始的，又是如何轉移的，Futreal博士研究組利用全基因組外顯子組測序這一新型技術對來自同一患者的原發胰腺癌，以及轉移腫瘤進行了分析，從中發現了癌癥開始與轉移的奧秘。這一研究成果公布在Nature雜志上。

外顯子是人類基因的一部分，包含著合成蛋白質所需要的信息。全部外顯子，稱“外顯子組”（exome），只占人類基因組的百分之一。由于這測序方法測定外顯子序列只需針對外顯子區域的DNA即可，因此遠比進行全基因組序列測序簡便、經濟，目前吸引了許多科學家從事這方面的研究，成為了現階段基因測序工作的重心之一。

在這篇文章中，研究人員利用這種技術分析原發胰腺癌和一種或多種轉移腫瘤，結果發現腫瘤由截然不同的亞克隆組成，并確定了轉移性癌癥克隆在原發腫瘤內演化的演化圖，并且估計了腫瘤發展的時間尺度。

基于這些據他們估計，在胰腺腫瘤發生的開始和原發的、非轉移性腫瘤的形成之間的平均時間為11.8年，而指示性轉移克隆的出現另需6.8年。這些數據表明存在一潛在很大的機會窗口，在此時段內也許有可能相對較早地檢測出癌癥來。

研究還利用新一代測序方法檢測了13名胰腺癌患者的染色體重排。結果顯示患者間存在相當大的異質性，表明在轉移的發生過程中基因組不穩定和演化是持續存在的。研究人員還發現這些基因重排中超過一半存在于所有轉移腫瘤和原發腫瘤中，因此這為在這種疾病的早期和晚期進行治療干預提供了潛在的目標。

另外Futreal博士研究組還在Cell雜志上發文，找到了一種“急性癌癥”的形成原因。傳統理論認為癌癥是人體經歷成千上萬次的細胞突變后，慢慢演化的結果。但是有時也會出現這種情況：有些人在體檢時根本沒發現癌癥痕跡，但數月后突然就被診斷患上這種疾病了。

研究人員最初的目的是研究腫瘤中DNA重排的模式。然而隨著測序工作逐步展開研究人員發現在某些腫瘤中大量的重排緊密地集中在基因組（通常是一條或幾條染色體）的一些區域。于是研究人員開始質疑這些染色體是否是在一次突發事件中發生斷裂，然后以一種“雜亂”的方式再度拼合到一起。

他們在腫瘤樣品中發現了這一過程的標志事件，研究人員將其稱之為染色體碎裂（chromothripsis）。在20-30%的癌癥以及25%的骨癌中均可看到這一標志性的現象。研究人員通過對各種不同類型的腫瘤樣品進行DNA測序后，證實當一次細胞危機引起幾十個或數百個基因組重排時有可能會導致癌癥突發。



（生物通：萬紋）

 封面故事：癌症研究领域的最新进展
 
本期Nature包括一系列关于癌症研究领域一些最新进展的研究论文和综述文章。其中一篇综述文章回顾了上世纪80年代初以来癌症遗传学领域所取得的进展，展望了今后几年在癌症基因组学领域可能看到的进展。两篇论文分别报告了关于饮食和癌症的最新研究工作和“泛素—蛋白酶体”体系中的一个新颖的抗癌药物作用目标。Gao等人发现，Myc致癌基因（在很多人类癌症中发生突变）由一个对明胶蛋白酶的表达很重要的微RNA调控，从而在癌症与代谢之间建立起了一个联系。Hedgehog信号作用曾被发现与几种癌症有关，而现在Zhao等人发现，它在慢性骨髓性白血病中维持白血病干细胞的存在。Diehn等人对人类与小鼠乳腺癌中的癌症干细胞进行了分析，发现它们所含“活性氧”少于其他癌细胞，这可能是使得乳腺癌较之其他一些癌症对放疗不太敏感的一个因素。本期封面为一个乳腺癌细胞。

癌症基因组学时代

自1982年HRAS基因突变与膀胱癌之间的关系被发现以来，研究人员已经在癌症患者身上发现了约10万个异常基因。因此，对于癌症的发展我们已经知道很多，但由于癌症和组织类型是如此之多，我们要了解的东西还很多很多。现在，随着大规模并行DNA测序技术的发展，数以亿计的与癌症相关的突变很快将被发现。在一篇内容广泛的综述文章中，Michael Stratton、Peter Campbell和Andrew Futreal对癌症基因组领域所取得的成就进行了回顾，同时展望了大量癌症完整DNA序列的获得将可帮助我们进一步加深对癌症治疗方法之认识的前景。

饮食与癌症的关系
人们知道限制饮食对啮齿类动物有抗癌效果已有几十年了，但令人吃惊的是，我们对决定某种肿瘤是否会对节食措施产生反应的分子机制却知之甚少。Nada Kalaany和David Sabatini报告，某些人类癌细胞系，当在小鼠体内作为肿瘤异体移植物生长时，对于饮食限制的抗生长效应非常敏感，而人类的其他癌细胞系则对此有抵抗力。现在，造成肿瘤不同敏感度的原因，已被发现是“phosphatidylinositol-3-kinase/Akt”信号通道的活化状态。因此，这一通道的状态可能是指示哪些肿瘤会对模仿饮食限制的治疗方法产生反应的一个指示器。

以泛素体系为目标的癌症治疗方法
“泛素—蛋白酶体”体系对细胞内蛋白进行标记，以将其降解。这是很多细胞功能的调控机制的构成部分，其中一些功能与癌症有关。现在，蛋白酶体抑制因子正在成为抗肿瘤药物，其中第一种用于临床的是“硼替佐米”，用来治疗多种骨髓瘤和一些淋巴瘤。Soucy等人报告了MLN4924的发现，它是“NEDD8-激发酶”（NAE）的一个小分子抑制因子，目前正在进行一期临床试验。NAE调控“泛素连接酶”一种亚型（即cullin-RING）的活性，后者又控制各种不同细胞蛋白的降解。MLN4924在小鼠癌症模型中诱导癌细胞死亡和产生抗肿瘤活性。

必须仰望大科学家

不用仰望了，等下次回国安排他和我们湾区众多美女见个面。

内容好丰富，容我慢慢消化， 并崇拜下科学家。

要化崇拜为行动 等你来我家时给干儿子和科学家做几个拿手的

MD安德森癌症中心：斥资30亿美元实施癌症＂登月＂计划(2012-09-26 12:42:32)转载

MD安德森癌症中心主任Ronald DePinho将领导一项针对8种癌症的“登月”计划。

作为美国最大的癌症中心，休斯敦市得克萨斯大学（UT）MD安德森癌症中心于9月21日公布了其所谓的“登月”计划——在未来10年中，显著提高几种癌症的存活率。一些外界研究人员将这一想法赞誉为仅凭一家研究结构便能够攻克癌症。

在这项计划的背后是MD安德森癌症中心主任Ronald DePinho，他于1年前从波士顿市德纳-法伯癌症研究所来到这里任职。DePinho将这项计划与总统约翰 F.肯尼迪50年前在休斯敦市宣布将美国人送上月球的宏伟目标相提并论。DePinho在当天举行的新闻发布会上表示，在太空探索这一点上，“我们拥有坚实的知识，同时我们还有启动所需的成熟技术”。他说，在癌症领域也出现了“一系列改变游戏规则的技术进步，使我们能够理解这种疾病的根本基础”。

通过由专注特定癌症的研究人员和临床医生组成的大型团队，这项“登月”计划的目标是在未来10年“显著增加病人的存活率”。这些癌症包括急性骨髓性白血病、骨髓增生异常综合征、慢性淋巴细胞白血病、黑色素瘤、肺癌、前列腺癌、三阴性乳腺癌以及卵巢癌。
DePinho指出，该计划将包含基础研究和应用研究，例如肿瘤基因组测序，以及努力把现有知识转化为实践，例如研究表明，利用一种新型X射线成像技术在重度吸烟者中筛查肺癌能够拯救生命。一家网站将这一目标描述为：“整合有关早期和局部晚期肺癌的分子分析，进而使治愈患者的人数增加10%至20%。”该项目还将包括劝阻吸烟的与公共意识有关的活动。

DePinho指出，该中心将用“数千万美元”启动这一项目，并预计在项目运行的未来10年耗资30亿美元，这些钱主要来自政府和私人资本。他强调，该项目将不会破坏MD安德森癌症中心每年7亿美元的更为广泛的研究计划。

这一登月的比喻不禁使人联想起之前对癌症设定的目标，例如理查德·尼克松在1971年提出的对癌症宣战。另一个例子是美国国家癌症研究所前所长Andrew von Eschenbach的到2015年消除源自癌症的痛苦和死亡的目标。一些研究人员认为，这种把减少癌症作为一个工程问题来处理的项目忽略了疾病的复杂性以及科学的不可预知性。

波士顿市马萨诸塞州总医院的Bruce Chabner表示：“问题是这并不仅仅是一个工程任务；它是上百个不同的科学问题。我们正在取得稳步的进展，但是说要消除痛苦，甚至阻止死亡则充满了很多困难。”Chabner也指出，吞下癌症并不是一家研究结构能够承担的工作。“这需要汇集来自全世界的人才。”

达拉斯市UT西南医疗中心的肺癌研究人员John Minna喜欢这种“将所有人团结为一个整体”的想法，但他也担心这是否是“一家机构能够干的事”。一些研究人员认为，在联邦政府拨款稀缺的时候，筹集资金对这个项目来说也是一种公共关系的努力。

除了DePinho，MD安德森癌症中心在过去一年里还吸引了其他一些大牌科学家，其中包括来自英国威康信托基金会桑格研究所的基因组研究人员Andy Futreal。另一位则是纽约市纪念Sloan-Kettering癌症中心的James Allison，他研制出了被广泛宣传的针对黑色素瘤的免疫新药。

来源：中国科学报
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德克萨斯大学MD Anderson癌症中心与IBM公司宣布，该中心将利用IBM的“沃森”认知计算系统作为攻克癌症顽疾的有力武器。经过长达一年的合作，IBM与MD Anderson将展示首台由IBM“沃森”所支持的MD Anderson“肿瘤专家顾问”原型机。该组织勾勒出一幅共同愿景，即利用“沃森”的认知计算能力帮助临床医生从癌症中心的病人及丰富的研究资料库中发现有价值结论，从而彻底攻克绝症顽疾。

MD Anderson的肿瘤专家顾问由IBM“沃森”提供硬件支持，旨在将MD Anderson的临床医生与研究人员的知识加以整合，并推动癌症中心以更高效、更安全且以实际情况为基础的护理标准照顾病人，从而带来最为显著的治疗效果。以白血病为首要对抗目标，MD Anderson的肿瘤专家顾问预计将为医护人员研究、观察并细微调整患者的治疗计划，同时有助于帮助他们认识到整个护理过程中可能发生的不良事件。认知驱动技术还有望帮助研究人员推进新型发现。

MD Anderson的肿瘤专家顾问有望成为癌症中心网络体系的一部分，允许临床医护人员通过计算机接口或者移动设备网络加以访问。这能够同时为临床医生及病患提供随时随地访问MD Anderson专业知识及资源的能力，其间IBM“沃森”负责依靠自身技术实力迅速从大量复杂的数据中提取关键性结论。

计算的新时代业已来临，其中认知系统能够“理解”用户问题的相关背景、从大数据中发现答案并不断积累经验实现学习从而提高处理性能。此类认知能力在与癌症的斗争中将发挥显而易见的重要作用。美国癌症协会仅在今年年内就保存有160万个新增本土癌症病例。作为全球性流行疾病，癌症中包含着一大致命子集：白血病。根据白血病与淋巴协会发布的调查结果，白血病在所有因癌症死亡的儿童及青少年(15岁以下群体)当中的比例占据近三分之一。

临床试验周期急需加速

每年单在休斯顿一个城市就会产生超过10万名患者，当地以及国家网络所涉及的病例信息更是达到成千上万。MD Anderson利用这些资源积累起了前所未有的临床数据、知识的深度与广度。不过要从这些信息中提取出可操作性结论仍然属于巨大的技术挑战。在从日常病人护理与临床试验当中收集有价值数据的过程中，研究人员与临床医生往往面临严重阻碍。此外，来自其它供应商的远程数据库与文件内容很可能与以往交换过的数据存在重复，这同样是个难以克服的问题。

如果放任不管，那么打算凭借必要参考信息为病患提供理想治疗方案的医师很可能会浪费掉大量宝贵的时间与资源。这一现状同时也阻碍了医疗从业者们完成临床研究、评估、批准并最终改进病人实际护理效果的努力。举个典型例子：每年美国医学研究所投入的经费总额达950亿美元，但其中只有6%的临床试验能够按时完成。

“IBM‘沃森’代表着一个新的计算时代，现在数据不再以挑战因素的姿态出现、而转化为一种能够有效被部署到医患护理流程当中的催化剂，”IBM公司沃森解决方案业务总经理Manoj Saxena表示。“通过帮助研究人员及医生了解数据背后蕴藏的真实含义，我们可以实证推动研究人员获得新发现，而且能够帮助医生选择最佳处理方式或者为患者提供最理想的治疗方案。”

“沃森”备战大数据抗癌

IBM的“沃森”技术有望在APOLLO项目当中扮演关键性角色。APOLLO是一种由“自适应学习环境”所驱动的技术，由MD Anderson所开发并作为抗癌研究规划中的一部分。APOLLO通过创建一套精简化及标准化环境对病人的医疗过程、临床病史乃至来自 MD Anderson中央病例数据仓库中的信息进行纵向收集、提取以及整合，从而实现临床护理与研究工作之间的迭代与持续学习目标。聚合体系形成之后，这种复杂的数据链接将被用于深入分析，从而针对提高疗效、改善患者用药效果提供新型结论性意见。

最为丰富的有价值临床结论信息来源之一当数饱含病人数据的非结构化医疗与研究笔记外加测试结果。针对每一位癌症患者的测试结果，“沃森”自身的认知能力将成为强大的工具、用于从此类复杂数据当中提取有价值结论。MD Anderson的肿瘤专家顾问方案还能够为每位癌症患者生成一份更为全面的汇总报告，这将帮助医生在评估病人病情之前更好地了解不同对象的体征数据。

通过对患者个人资料与已发表医学文献知识库之间的对接，“沃森”能够识别并评估出二者之间的关联，从而帮助MD Anderson的肿瘤专家顾问方案生成有理有据的个性化治疗与管理选项，最终成为医生做出治疗及护理决策时的好帮手。这些选项当中不仅包含标准治疗方法，也适当涉及一部分医学研究协议。

“MD Anderson肿瘤专家顾问的一大特色在于，它不仅仅依靠再有癌症治疗途径提出治疗建议，”MD Anderson应用癌症科学研究所基因医药与科学专家兼负责人Lynda Chin解释道。“这套系统的设计前提在于肯定这样一个结论——如今我们所了解的知识并不足以帮助病患走向康复。因此，我们的癌症患者将由肿瘤专家顾问自动与适当的临床试验相匹配。在经验与实证的基础之上，医生能够为患者提供参与临床试验中新型疗法的机会，从而更有效地与癌症展开斗争。”

MD Anderson的肿瘤专家顾问有望借助一系列此前根本无法进行分析的数据类属性，从而帮助医生改进未来对癌症患者的护理效果。举例来说，MD Anderson的临床护理与研究团队可以能够比较确定具体患者属于哪种疗法的适应群体，并比对二者之间的差异所代表的属性含义。这种分析机制还会根据检验情况生成推导结论，帮助研究人员及临床医生不断改进癌症护理工作的流程。

(by 浮米网)

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IBM的“登月计划”：超级计算机Watson向癌症宣战


技术公司喜欢用一个词来形容自己最有雄心和意义的项目：“登月计划”。

Google前不久推出的Calico就是一项向死亡宣战的登月计划。该计划的目标是攻克癌症，延缓衰老，甚至探索永生。现在IBM的超级计算机Watson也要发动向癌症宣战的登月计划。

IBM此举并不仅仅是作秀。这家技术巨头正在与美国顶级的癌症研究机构德州大学安德森癌症中心展开密切合作。后者去年推出了一项计划，目标是根除8种不同类型的癌症，其中白血病首当其冲。

两年前，IBM 的超级计算机 Watson 曾击败了智力竞赛节目“Jeopardy!”的人类冠军，但此后似乎没了声息。实际上，Watson一方面在华尔街打打零工，一方面正在潜心修炼，不断接受IBM工程师给它传授医学方面的知识。据IBM介绍，自2011年以来，Watson已经消化吸收了25000个医疗病例。

IBM Watson解决方案总经理Manoj Saxena说，Watson正在通过回答问题和边干边学来学习和理解诊断路径和治疗选择。这种 “思考机器”已经胜过今天的知识获取机器。

今天IBM与安德森癌症研究中心举行了联合新闻发布会。在会上，Saxena对Watson是如何存储基因和患者信息以及提供治疗建议进行了演示。从事临床研究的Courtney DiNardo医生则展示了该项名为“肿瘤专家顾问（OEA）”试点计划的实践。几个月前，她的一位患者在白血病治疗过程中得了一种有可能威胁生命的并发症—肿瘤溶解综合症。而这种综合症的发现者正是Watson这位顾问，在Watson的帮助下，DiNardo医生成功预防了这名病人肾衰竭及心脏病的发作。Watson是通过症状分析得出该结论的。

安德森癌症研究中心应用癌症科学研究所的科学主任及基因组医学主席Lynda Chin则举了另一个病例。在OEA的帮助下，癌症病人得以自动与一些的新型临床试验进行匹配，从而获得更好与癌症做斗争的机会。不过医生们仍然强调，Watson不能完全替代人。

2年前参加Jeopardy的时候，Watson的配置是90台服务器，15TB的内存。现在它的运算速度已经是过去的240倍，且成本也低了很多，而且服务器的尺寸已经比披萨盒还要小，可放置进任何一个数据中心。

展望未来，除了癌症及预防保健以外，Gold认为Watson在医疗保健还会有更多的应用案例。Watson目前正在与克利夫兰诊所的医学生一起合作，帮助后者学习知识准备考试，这也是一个学习的过程，对于双方来说这都是一件互惠互利的事情。

下一代信息技术有望解决的另一个关键问题是药物跟踪。病人有时候会对每天该服几次药以及饭前服还是饭后服感到困惑。Watson的询证系统（evidence-based system）可以根据病人的病史提供实时建议。同样地，医生也可以跟踪病人是否按时服药。

Gold认为，未来此类技术的成熟将会改变医生对作为日常决策一部分的症状的利用方式。

[消息来源：venturebeat.com]

MD Anderson's Oncology Expert Advisor powered by IBM Watson


http://www.youtube.com/watch?v=CtyYI7ou2B0&feature=player_detailpage

不会直接贴视频，抱歉！

‘Oncology Expert Advisor 肿瘤专家顾问’项目是安迪这一两年的重头工作，他和合作伙伴们刚刚完成了白血病部分，目前已经在安德森的白血病部门做临床测试。 接下来陆续会做其它肿瘤的部分, 稍后会向全球推广，尤其发展中国家的医生和病患有望成为最大受益者。

前不久安迪接手‘登月计划’所有科研项目总负责人。

偶目前在协助做一个针对中国癌症病患的分支项目，能为癌症医学的发展尽微薄之力，倍感荣幸。

路漫漫其求远兮，吾将上下而求索！Let us work together. Making Cancer History!

http://www.youtube.com/watch?v=E9w11aosyx4&feature=player_detailpage